Laboratorium mikrobiologi adalah laboratorium yang digunakan secara khusus untuk keperluan praktikum atau penelitian yang berhubungan dengan mikrobiologi. Di tempat ini disediakan segala alat-alat dan bahan kimia yang mendukung identifikasi dan analisis mikroorganisme. Berbagai pemeriksaan atau uji yang dapat dilakukan beberapa diantaranya yaitu: Analisis cemaran mikro pada pangan, plate count agar, total yeast mold, bakteri berbentuk colony (coliform), Test of Antimicrobial Efficacy, Most Probable Number (MPN), Identifikasi Mikroorganisme, Evaluasi Bioindikator dan Proses Sterilisasi.